Серийный АПП-66 отличался от опытного экземпляра иным оформление передка, отсутствием маршрутоуказателя на переднем скате крыши, и окнами прямоугольной формы в передних дверях.

Более поздние машины получили решетку радиатора с пятью горизонтальными брусьями вместо семи у более ранних.

    Как и полноприводный автобус 38АС, пришедший ему на смену аналогичного назначения АПП-66 был разработан силами опытного завода №38. Первый образец АПП-66 был построен в 1983 году и по завершении заводских испытаний конструкторская документация на эту машину была передана на 172 ЦАРЗ для организации там серийного выпуска автобуса для нужд Министерства обороны СССР. В 1984 году 172 ЦАРЗ построил доработанный с учетом полученных ранее замечаний образец АПП-66 для приемочных испытаний, которые были проведены в октябре-ноябре этого же года.
    Первоначальным проектом предусматривалась перевозка 24 пассажиров, однако в силу достаточно тяжелого кузова (полная масса АПП-66 почти на тонну превышала полную массу базового ГАЗ-66-04) и неравномерной нагрузки на оси (включая сюда в том числе и перетяжеленный на 290 кг левый борт из-за размещенного с этой стороны запасного колеса), количество мест в серийных машинах было снижено до восемнадцати. Тем не менее, даже с учетом такого радикального пересмотра вместимости автобуса, скорость движения оставляла желать лучшего, а износ узлов и агрегатов шасси происходил заметно быстрее, чем у базового шасси. Недостаточный уровень удобства обслуживания и ремонта машины был отмечен отдельным списком замечаний, причем некоторые процедуры, такие как снятия двигателя, коробки передач или раздаточной коробки, были возможны лишь после демонтажа кузова с шасси.
    Всего было выпущено порядка 800 единиц АПП-66. На смену этой модели в 1987 году пришел вахтовый автобус модели 39641, более простой, дешевый и удобный в эксплуатации.

    В июле 2013 года брендом SSM была представлена модель АПП-66 позднего выпуска в защитном темно-зеленом цвете. Годом позже – в июне 2014 года – эта же модель была перевыпущена в более сложном трехцветном бело-желто-голубом гражданском окрасе. Обе эти модели были примечательны чрезмерно широкой колеей и полным отсутствием габаритных фонарей на скатах крыши. И, наконец, в декабре 2018 года эта же модель была издана брендом AVD в виде набора деталей для самостоятельной сборки и окраски.
    Впоследствии эта же форма была использована при создании модели АПП-66 для журнальной серии "Наши автобусы" издательства "Модимио", где эта модель в несколько упрощенной деталировке вышла в ноябре 2020 года в гражданском бело-голубом окрасе (на крайнем справа фото).