Примерно с 1995 года после освоения выпуска наддувного четырехцилиндрового двигателя с воздушным охлаждением ГАЗ-544 мощностью 115 л.с. (также по лицензии компании Deutz) на конвейере началась сборка автомобилей ГАЗ-3309, представлявших собой своего рода облегченную версию ГАЗ-4301 грузоподъемностью 4000 кг, полностью унифицированную по шасси и кабине с моделью ГАЗ-3307. Внешние отличия от ГАЗ-3307 сводились к установленному вдоль левой стойки ветрового стекла внешнему воздухозаборнику. Автомобиль предназначался для перевозки сельскохозяйственных и промышленных грузов по дорогам всех категорий.
    К середине 1996 года ГАЗ-3309 практически полностью вытеснил с конвейера карбюраторный ГАЗ-3307, однако вскоре выпуск собственных дизелей ГАЗом был свернут ввиду их крайне высокой себестоимости. ГАЗ-3309 до 2001 года исчез с конвейера, вернувшись на него лишь после привязки минского дизеля Д-245.7, имевшего, в отличие от ГАЗ-544, жидкостную систему охлаждения - в 2001 году были собраны первые пять серийных машин ГАЗ-3309, выпуск которых дальше стал наращиваться в дальнейшем год от года.
    На базе ГАЗ-3309 выпускаются (выпускались) следующие модификации:
    · ГАЗ-33090 — шасси и бортовой грузовик с турбодизелем ММЗ Д-245.7Е2;
    · ГАЗ-33091 — удлинённое на 1,4 м шасси;
    · ГАЗ-33092 — шасси со сдвоенной кабиной на 7 человек;
    · ГАЗ-33094 — удлинённое шасси под монтаж автобусных кузовов.

    Модели автомобилей ГАЗ-3309 в различных вариантах исполнения выпускаются краснодарским предприятием "Компаньон" (модели изготавливаются из пластика, окрашенного в массе).